Antes de la creación de ElPozo Murcia, la ciudad de Murcia contaba con un equipo de fútbol sala en las competiciones de la Federación Española, conocido como Cruz Joyita de Murcia.
El grupo alimenticio ElPozo había patrocinado a ese equipo en la temporada 1986/87, pero con la creación de la Liga Nacional de Fútbol Sala quería contar con su propio club. Por ello, la empresa compró en 1989 al Cruz Joyita su plaza en la máxima categoría y sus derechos federativos. En la campaña 1989/90, primera también de la recién creada liga, los murcianos consiguieron la permanencia.
En sus primeros años de vida, El Pozo realizó una fuerte inversión en jugadores internacionales e incluso presentó una oferta por Diego Armando Maradona, que la estrella argentina rechazó. En la campaña 1990/91 consiguió clasificarse para la segunda fase por el campeonato de liga, y en 1992 disputó su primera final de Liga, perdida frente al Caja Toledo FS. El primero título obtenido fue la Copa de España de la temporada 1994/95, que ganó en la final ante CLM Talavera, y un año después se consiguió la Supercopa.
En la temporada 1997/98, ElPozo Murcia se proclamó campeón de liga por primera vez en su historia, al ganar en cinco partidos al CLM Talavera. La plantilla de ElPozo fue también uno de los pilares de la Selección de fútbol sala de España, que en esa época consiguió sus primeros títulos internacionales.
